星系的尺度可达10万光年或更大，运动中的星系在几亿年时间内就可以移动本身直径那么大的距离，而星系彼此间的距离范围只是星系尺度的10～1000倍。因而星系间就有可能发生碰撞；在星系团内星系碰撞的可能性更大。
若两个星系在运动过程中互相靠拢接近，但并没有直接接触，称为星系交会。星系间的近距离交会对星系的结构和动力学状态会产生明显的影响，如一个星系的引力会把另一个星系中的一部分气体和恒星拖出来，并最终脱离原来的星系。
一旦两个星系彼此直接接触或部分接触，就是发生了碰撞。两个星系彼此碰撞时，星系中的恒星只是相对穿越而过，恒星之间并不会直接相撞。但是，星系中的星际介质完全可以直接接触并相互影响，这是因为星际介质的尺度远比恒星大得多。
车轮星系是一个旋涡星系被一个小星系高速击穿后形成的，可以看到冲击波的痕迹
在碰撞过程中，两个星系间的引力作用，以及星际介质的剧烈相互作用，会对碰撞中星系的形态和演化产生重大影响。有趣的是，如果两个星系以数千千米每秒的相对速度相遇、碰撞，它们有可能安然无恙地对穿而过，两者的外貌与碰撞前并无明显改变的迹象。然而，要是相对速度只有几百千米每秒，情况便完全不同，这是因为引力的作用时间越长，破坏性就越大。在低速碰撞的过程结束后，两个星系互相远离而去，但与碰撞前相比很可能已经变得“面目全非”了。
星系碰撞的另一种结果是“星系并合”，即两个星系因碰撞而合并成一个星系。在并合过程中，如两个星系的质量相差悬殊，大星系会“吞食”掉小星系，同时它的结构会因小星系的引力扰动而发生明显的变化。例如，银河系盘中的厚盘成分，可能就是因一个小星系的并入，使原来的薄盘受强烈扰动而形成的。
并合中的星系NGC520
碰撞的星系NGC4676
2.8亿光年外4个正在发生碰撞的星系
要是并合中两个星系的质量大致相当，结果不会出现“大吃小”的局面，而是合二为一，形成一个巨星系，同时可能把一部分星际介质甚至恒星抛出去，生成星系尾。有人认为，两个旋涡星系一旦发生碰撞，最终会并合成一个大质量的巨椭圆星系。
现代天体演化理论指出，星系由原星系云经引力坍缩形成，它可以说明不少重要观测事实。但根据这一图景，星系外形应该比较有规则，那么特殊星系的奇特形态和异常性质又作何解释呢？一种颇为流行的观点是，星系在演化过程中，曾经或正在发生大范围的剧烈活动事件，如星系间的密近交会、碰撞以至并合等，这类过程中星系相互作用必然很剧烈，现在观测到的形状诡异的特殊星系就这样形成了。
上述理论已从观测上得以证实。如特殊星系NGC7252可算是星系并合的一个典型例子。深度曝光图像显示这个星系主体的外形很不规则，有两条明亮且外缘清晰的长条形星系尾从两个方向伸出，每条长尾都因引力作用而由星系盘生成，这意味着有2个盘状星系因相互并合而毁灭了。不过在短时间曝光的图像上，它看上去只是一个普通的椭圆星系，面亮度的分布很平滑，看不出任何特殊结构。
因为距离遥远，特殊星系的结构必须用大望远镜或进行空间观测才能发现，在这方面哈勃空间望远镜发挥了巨大的作用。（赵君亮）
特殊星系NGC7252
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