细菌最早是安东·范·列文虎克在1674年发现的。自那以后，人们又发现了许多种致病细菌
1674年，荷兰布料商、公务员安东·范·列文虎克（Anton von Leeuwenhoek，1632—1723）透过一块玻璃透镜对一滴池塘水进行观察，发现了细菌和其他微生物。早期的单镜头仪器对物品的放大倍数在50～300倍之间（大约是现代光学显微镜放大倍数的1/3），让人们得以一窥微生物的未知世界。范·列文虎克给伦敦皇家学会写了一封信，信中他将这些微生物称为“微小动物”。范·列文虎克因为这些早期研究而成了“微生物学之父”。
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