在显微镜发明之前，林耐首次把地球上的生物分为植物界和动物界两界。按照林耐的分界法，植物有绿色的叶片，能进行光合作用，一般都有根扎在土中，不能自由活动。那些能自由活动，不能进行光合作用，以植物和其他有机物为食的生物则统统归入动物界。真菌虽然不能进行光合作用，但有根生在基质中，也不能自由活动，因此也被林耐归入植物界。
在显微镜发明之后，人们不仅惊喜地在显微镜下看到了一大群单细胞微生物，也发现了许多其他的单细胞生物，如拥有叶绿体的眼虫。1866年，德国博物学家海克尔把原核生物中的细菌、蓝藻和单细胞真核生物中的真菌、原生动物、低等藻类和单细胞群体生物（如海绵等）归并为原生生物界，由此生物分类系统变成了三界。
到1969年，美国生物学家惠特克等人提出了五界说。五界说中，把原核生物单独列为一界，把真菌从植物界中划出来成为真菌界，这样就把生物的界扩大为原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界和动物界这五界。
1974年，黎德尔认为原生生物界并不是一个自然类群，带有很大的主观随意性，于是他就将原生生物界中的所有成员分别纳入真菌界、植物界和动物界，这样五界就变成了四界。
时间进入21世纪，人们对病毒的研究异常活跃，有人提议，病毒是非细胞生物，是一个非常独特而又极其重要的生物类群，应独立成界，即病毒界。但许多人认为，直到今天，病毒的起源依然是个谜，而生物分类系统是生物进化的历史总结，因此现在把病毒另立门户还为时过早。（潘重光）
五界分类系统
【科学人】 林耐
林耐（1707—1778）是瑞典植物学家，也是动、植物分类学和双名法的创始人。在分类学上，林耐采用阶梯分类法，将自然界分为“三界”：动物界、植物界和矿物界。界以下依次是纲、目、属、种。在林耐的《植物种志》和《自然系统》第10版书中，他初步建立了用于生物命名的“双名制命名法”，这使得以往命名混乱、随意的现象得以终结，实现了分类范畴的统一，推动了生物进化领域研究的开展。
【微博士】人和白菜是怎么被分类的
【微问题】能通过物种的分类找到它们的老祖宗吗？
【关键词】双名法 分类系统