指这样的概念：任何两种物种中对应蛋白质之间的结构差异的数量跟这两种物种距离从同一原种分离出来的时间成正比。这些差异是在一段时间中恒速发生基因突变的结果。例如，两种动物的血红蛋白相比较有略微差异，这表明这两种动物是在相对较近的时间内分离的。分子钟能用来建立物种之间的分类关系。