流感、肺结核、脑膜炎……很多具有传染性的疾病都是由微生物造成的，这类会危害人们健康的微生物称为病原微生物。对付病原微生物大致通过两种方法：一是“消毒”，清除或杀灭处于活跃生长状态的病原微生物，使它们失去致病能力，但这个方法对芽孢等抗性很强的休眠体可能没有作用。二是“灭菌”，彻底杀灭所有微生物和它们的芽孢。显然，灭菌比消毒要彻底得多，采用的方法也会更强硬有力。
对于一般的生活环境，我们并不需要通过“灭菌”，使之达到无菌状态，因为许多微生物是无害的，有些甚至是有利于人类的，一股脑儿地消灭所有的微生物对人类来说也许弊大于利。我们所需要做的就是清除过多有害的微生物，也就是消毒。含氯消毒剂是生活中最常用的消毒剂，84消毒液就属于这一类。含氯消毒剂具有一定的氧化性，可以破坏微生物的细胞结构，从而帮助我们消除绝大部分病原微生物的威胁。医院里常用的福尔马林、酒精等也都是有效的消毒剂，可以使微生物的蛋白质变性、凝集，使微生物失活。这类液体消毒剂很适合用来浸泡器械和擦拭物体表面，以达到消毒的目的。
如果需要对整个房间来一次全面的消毒，可以采用紫外线照射。紫外线有一定的穿透力，可以穿过微生物细胞壁的“盔甲”，直达微生物体内破坏它的核酸，使它失去生长能力。在紫外线的作用下，空气中会产生臭氧，这种闻起来有腥味的气体也具有一定的消毒能力。但紫外线消毒时应该尽量避光，因为在有光线的情况下，微生物会进行DNA的自我修复，使紫外线消毒的效果大打折扣。除了紫外线，也可以用熏蒸消毒法对房间进行消毒。如过氧乙酸熏蒸消毒法，通过加热让消毒剂过氧乙酸充分挥发到空气中，杀灭空气中、角落里的有害微生物。
对于一些要求更加严格的环境和物品，如医用产品、科研试验用产品、保质期较长的食品等，单用“消毒”就不够了，需要采用更厉害的“灭菌”方法。最常用的灭菌方法是加热。居家生活里，我们把水烧开再饮用就可以保证饮水安全，但要达到“灭菌”的效果，还需要更加严苛的条件。常用的方法是在加热的同时加压，使温度进一步上升到121℃，并保持高温、高压20～30分钟。经过这样的处理，一般细菌的芽孢会被彻底灭活。对于玻璃、金属等可以耐更高温度的物品，可以采用干热灭菌的方法，把温度升高到170℃，并保持1～2小时，这样也可以杀灭所有微生物及其芽孢。
塑料制品和新鲜食品既不耐高压，又不耐高热，怎么才能“灭菌”呢？可以采用电离辐射灭菌的方法，用γ射线、X射线等进行处理。这些射线穿透力极强，会破坏微生物的DNA，既可以有效地杀灭细菌，又可以保持物品完整，使食品的风味和营养不受影响。（钟江）
外科手术所用的器械都需要经过严格的灭菌
【微博士】芽孢
当环境中营养物质缺乏、代谢产物浓度过高时，有些细菌能在细胞里形成一个有着厚外壁的椭圆状的休眠构造，这就是芽孢。芽孢的特殊结构使得它耐热、耐辐射，很难被杀灭。通常情况下，芽孢可以保持几年到几十年不死亡，有的芽孢甚至可以休眠数千年。一旦环境适宜，芽孢就会从休眠中苏醒，恢复生机成为有活力的细菌。
【微博士】无菌室
在科研工作中，常常要求实验室空间是“无菌”的。无菌室就是这样一间特殊的房间。要想实现这么高的无菌标准，除了一般的灭菌方法，还要借助“高效过滤器”对进出房间的空气进行过滤。这样既保证进入实验室空间的空气没有杂菌存在，使实验不会被外来的杂菌干扰，也保证了实验中的微生物不会随空气“逃逸”到实验室外，污染人们的生活环境。
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