基因转移可以通过多种手段进行，例如可以利用特殊的微生物在感染植物的过程中将外源基因导入到植物体内；利用基因枪轰击植物组织将外源基因导入细胞；还可以通过化学试剂处理使细胞吸收外源基因。无论采用哪种手段，外源基因进入植物细胞并整合到基因组的效率是很低的，并不是每个细胞都能被导入外源基因。事实上，导入外源基因的细胞也许只占千分之一或者更少。如何从如此多的细胞中挑选出成功转基因的细胞，并培养成完整植株，是科学家面临的一个巨大挑战。
一些化学物质（如除草剂、抗生素等）可以杀死植物细胞。而自然界中也有一些微生物或植物可以合成相关的酶降解这些化合物，因此表现出抗性。科学家分离出这些与抗性相关的基因用于转基因植物筛选：在含有这些化合物的培养基质上，没有转入抗性基因的植物细胞（占大多数）将会被杀死，而转入抗性基因的细胞可以存活并增殖分化成完整的植株。当转基因植物形成后，再设法剔除这些用于筛选的标记基因。
转基因抗虫棉
获得转基因植物后，还需要通过多种技术手段对目标基因进行分析，确认基因完整、成功转移和正常发挥功能。方法是：提取转基因植物的DNA通过聚合酶链反应（PCR）检测是否含有外源基因，并确定外源基因的插入位点；提取合适组织的RNA，检测插入的外源基因表达是否正常以及表达水平高低；通过一些针对蛋白质特性的检测方法，观察相应的蛋白质是否正常合成。当然，最重要的还是要观察转基因植物是否获得了预期的新特性。（陈晓亚 杨长青）
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